在香港所有的出入境管制站，旅客和货物均须受出入境和海关管制。香港国际机场是航空旅客和空运货物的管制站。至于从海路来港的旅客和货物，本港设有港澳客轮码头、中国客运码头、启德邮轮码头、屯门客运码头、入境船只东西两面碇泊处和屯门入境船只碇泊处办理出入境手续。此外，葵青货柜码头及内河码头亦可办理货物清关手续。陆路方面则设有九个过境管制站，包括罗湖、红磡、落马洲支线、广深港高速铁路西九龙站、文锦渡、落马洲、沙头角、深圳湾和港珠澳大桥香港口岸。
入境事务处和香港海关透过管制措施，分别防止不受欢迎的人物和违禁货物经香港国际机场进入香港特区。
在香港国际机场，香港海关是负责阻遏走私活动的主要执法机关。此外，海关作为前线执法机关，亦负责防止基于保安、公众健康、保护环境及履行国际义务等理由而被禁物品的进出口。
入境事务处负责遏止非法移民经机场移居海外的活动，以履行香港特区的国际责任。
本港有几类旅客列为不受欢迎人物，包括可疑的旅客(访港目的有可疑、可能逾期逗留、意图非法居留和滥用过境安排的人士)、使用伪造旅行证件来港从事非法活动的人、毒贩、偷运人口者和罪犯。
为防止上述不法份子入境，所有入境旅客均须在入境机场柜枱接受检查，入境事务处人员会把可疑个案作进一步讯问。被截获的不合入境资格乘客会被拒入境，并尽快遣返来港前的口岸或原居地。
为协助出入境管制人员识别伪造旅行证件，每个出入境管制柜枱设有紫外线灯，而在值日室则备有手提防伪胶膜检查器。前线及行动支援单位亦设有先进的伪证侦查仪器，包括「视像光谱比对仪」，及载有200多个国家超过4,500种真确和伪造旅行证件样本影像的「证件图像资讯系统」，以核实被查验证件的真伪。
情报的整理和分析，对打击不法活动甚为重要。为此，入境事务处会定期为各人员举办训练课程，使他们认识伪造证件的最新趋势和惯用手法。此外，本港各领事馆的人员亦不时应邀主持关于侦查伪证的讲座。
我们亦借助资讯科技提高效率。所有管制站已广泛使用证件光学阅读机，阅读可机读的护照和香港身分证。机场管制站自2005年年底，提供e-道自动化自助出入境检查系统给本港市民使用。自2008年5月开始，该服务更分阶段扩展至合资格的经常访港旅客、内地访客及澳门永久性居民。新的「出入境管制系统」于2016年开始分阶段推出，以提升管制站的运作效率；新系统包括将现有e-道提升为多功能e-道，及新增超过150条多功能e-道，使e-道服务可因应旅客流量灵活调配。
香港警队在陆路边界维持24小时巡逻，以堵截非法入境者。全长35公里的陆路边界均设有边界围网，并附设一系列监察系统让警方有效地执行陆路边界的管制工作。
此外，管制土地用途亦有助警方在陆路边界进行执法行动。边界的毗邻土地被划为｢边境禁区｣，以对人员进出和土地发展作出限制。借着这个有效的缓冲区，有助警方打击非法入境和走私犯罪活动。而事实证明这些管制措施十分有效。
随着社会的发展及要求，政府已分三阶段缩减陆地边境禁区，由原来的约2,800公顷缩减至现时约400公顷。第一阶段边境禁区缩减于2012年2月实施，释出的土地约740公顷，包括沙头角及米埔部分地方。第二阶段边境禁区缩减于2013年6月实施，在落马洲一带释出土地约710公顷。而最后的第三阶段边境禁区缩减亦已于2016年1月实施，在打鼓岭一带释出约930公顷土地。
九个陆路管制站中，罗湖、红磡、落马洲支线和高铁西九龙负责乘搭铁路的乘客的出入境检查；文锦渡、落马洲、沙头角、深圳湾和港珠澳大桥五个管制站，则负责检查出入境的车辆和旅客。
九个管制站（以出入境两个方向合计）共有489个旅客出入境检查柜枱及566条旅客e-道（包括开设在罗湖管制站的6条学童e–道及30条快捷e-道及开设在落马洲支线管制站的6条学童e–道）和152个车辆检查亭（其中88个检查亭配备车辆e-道）。另外，各管制站亦为合资格的内地访客，经常访港旅客及澳门永久性居民提供e-道过关服务。落马洲支线管制站及深圳湾管制站更增设具语音辅助功能的e-道供视障人士使用。
每个柜枱和出入境检查亭均装有电脑和证件光学阅读机，全部接驳至一个中型中央集线器，并透过一个全港网络与其他管制站和总部连接。可机读的旅游证件和香港身分证经证件光学阅读机扫描后，电脑便会把旅客过关的资料记录下来。
除柜枱装有先进设备外，管制站内作支持的办公室还备存一套手册，详列伪造旅行证件和签证的各项破绽，供管制站人员参考。此外，所有管制站人员均经常有机会接受培训及参与业务研讨会，认识伪造证件的最新趋势和手法。
海上水域由香港警务处水警总区负责巡逻，其主要任务是在海上打击非法入境、走私和其他罪行。香港水警拥有一支现代化的船队，包括巡逻警轮、快速小艇，行动平台趸船及警察后勤趸船。该总区的指挥及控制中心利用一套结合了雷达、日夜摄像镜头，以及热能探测器的先进系统监察海面情况和指挥船队运作。水警致力堵截非法入境者流入，以及采取跨部门合作模式打击海上跨境走私活动。侦破的走私案件会交由香港海关跟进。
海路旅客抵港时会在中国客运码头、港澳客轮码头、启德邮轮码头、屯门客运码头接受入境及海关检查。在2014年，使用海路管制站和其他入境船只碇泊处的旅客共有2,836万人次。在2015年共录得2,766万人次，在2016年首九个月有1,965万人次。他们办理的出入境检查和清关手续，与经由陆路和机场管制站出入境的旅客并无分别。此外，四个管制站亦为合资格的内地访客、经常访港旅客及澳门永久性居民提供e-道过关服务。港澳客轮码头管制站更增设有具语音辅助功能的e-道供视障人士使用。
至于其他出入香港的货轮，除非另有指示或获得豁免，都须在入境船只碇泊处办理出入境检查手续。本港目前有三个入境船只碇泊处，即入境船只东西两面碇泊处和屯门入境船只碇泊处，其中入境船只西面碇泊处及屯门入境船只碇泊处均全日提供服务。
办妥出入境检查手续后，抵港货轮会驶到公众货物装卸区起卸货物。海关会在碇泊处或货物装卸区进行清关工作。
根据入境事务处的预办入境检查（预检）计划，事先获批准的远洋船只及内地内河及沿海货船可直接驶往葵青货柜码头、内河码头或中流碇泊处进行装卸货柜。海关会对进出口的货物进行清关工作。